Впервые появилась номинация «Туроператор года — партнер воздушного транспорта», в ней состязались 13 крупнейших российских туроператоров. В конкурсе на соискание звания «Авиакомпания года» приняли участие 48 российских авиаперевозчиков.

Традиционно лауреаты и дипломанты премии определяются тайным голосованием членов Общественного совета, в состав которого входят около 100 независимых экспертов в области воздушного транспорта: представители органов власти, общественных организаций отрасли, ветеранов гражданской авиации, журналистов.

В специальной номинации «Приз пассажирских симпатий» авиакомпания-победитель была определена по результатам комплексного интернет-опроса пассажиров. Более 5000 человек, ставших участниками анкетирования, оценили качество услуг российских авиакомпаний по целому ряду параметров, которые характеризовали доверие пассажиров к компании, работу авиакомпании с клиентами, уровень сервиса на борту.

Лауреатами и дипломантами премии «Крылья России – 2009» стали:

Авиакомпания года – пассажирский перевозчик на внутренних воздушных линиях в группе I (объем пассажирских перевозок на ВВЛ более 3 млрд пкм)
Лауреат: «Трансаэро»
Дипломанты: «Аэрофлот – российские авиалинии», UTair

Авиакомпания года – пассажирский перевозчик на внутренних воздушных линиях в группе II (объем пассажирских перевозок на ВВЛ от 1 до 3 млрд пкм)
Лауреат: «Уральские авиалинии»
Дипломанты: ГТК «Россия», «Якутия»

Авиакомпания года – пассажирский перевозчик на внутренних воздушных линиях в группе III (объем пассажирских перевозок на ВВЛ от 0,5 до 1 млрд пкм)
Лауреат: «Кавминводыавиа»
Дипломанты: «Авиационные линии Кубани», «Донавиа» 

Авиакомпания года – пассажирский перевозчик на внутренних воздушных линиях в группе IV (объем пассажирских перевозок на ВВЛ от 0,05 до 0,5 млрд пкм)
Лауреат: «КрасАвиа»
Дипломанты: «Атлант-Союз», «Оренбургские авиалинии»

Авиакомпания года – пассажирский перевозчик на международных воздушных линиях в группе I (объем пассажирских перевозок на МВЛ более 3 млрд пкм)
Лауреат: «Аэрофлот – российские авиалинии»
Дипломанты: «Оренбургские авиалинии», «Трансаэро»

Авиакомпания года – пассажирский перевозчик на международных воздушных линиях в группе II (объем пассажирских перевозок на МВЛ от 0,2 до 3 млрд пкм)
Лауреат: «Уральские авиалинии»
Дипломанты: «Владивосток Авиа», «Сибирь»

Авиакомпания года – грузовой перевозчик на внутренних и международных линиях (суммарный вес грузов, перевезенных на специализированных ВС, от 15 тыс. т)
Лауреат: AirBridgeCargo
Дипломанты: «Волга-Днепр», «Полет»

Авиакомпания года – оператор деловой авиации
Лауреат: «Джет-2000»
Дипломанты: «РусДжет», «Тулпар Эйр»

Вертолетная компания года
Лауреат: UTair
Дипломанты: Нефтеюганский ОАО, «Ямал»

Авиакомпания года – лидер  пассажирских симпатий
Лауреат: «Аэрофлот – российские авиалинии»
Дипломанты: UTair, «Сибирь» 

Туроператор года – партнер воздушного транспорта
Лауреат: Tez Tour
Дипломанты: Coral Travel, «Пегас-Туристик»

Специальный приз  в номинации «За инновации в авиабизнесе» получила  авиакомпания SKY EXPRESS

Специальные дипломы авиакомпаниям «Аэрофлот – российские авиалинии» и «Трансаэро»  вручил С.А. Гаврилов, заместитель председателя комитета по транспорту Государственной Думы РФ