В итоговом варианте ФКП-25, направленном Роскосмосом на согласование в министерства, эксплуатационные расходы на управление полетом МКС, материально-техническое и транспортное обеспечение российского сегмента станции, а также на обеспечение программы научных экспериментов предусмотрены в объеме 252,1 млрд рублей на 10 лет (это расходы бюджета, еще 12,6 млрд рублей планируется из внебюджетных источников). Прежний вариант ФКП-25, разосланный ведомствам в апреле 2015 года, предусматривал финансирование МКС в объеме 281,4 млрд рублей. После того как апрельский вариант ФКП-25 был рассмотрен, Минфин настоял на сокращении бюджетных расходов на космическую деятельность, в результате чего смета ФКП-25 уменьшилась на четверть — до 1,521 трлн рублей на 10 лет. 

В основном сокращению подвергся раздел пилотируемых полетов: из ФКП вырезали перспективные проекты из «Лунной программы»: «Создание лунного взлетно-посадочного комплекса» (ОКР «ППТК-2»), «Создание лунной орбитальной станции» (ОКР «ЛОС 1 этапа»), «Создание лунной базы» (ОКР «ЛБ 1 этапа»), «Создание лунного скафандра» (ОКР «ЛБ-Лскаф»), «Создание системы робототехнического обеспечения на Луне» (ОКР «ЛБ-Робот»). 

Плюс к этому из проекта ФКП-25 вычеркнули ряд проектов, привязанных к МКС, отказавшись от таких работ, как «Создание трансформируемого модуля» (ОКР «ППОИ (ТМ)») и «Создание энергетического модуля» (ОКР «ППОИ (ЭМ)»).

Работы по строительству уже начатых модулей для МКС будут продолжены: речь о многоцелевом лабораторном модуле (МЛМ, запуск в 2017 году), узловом модуле (УМ, запуск в 2018 году) и научно-энергетическом модуле (НЭМ, запуск в 2019 году). На строительство и выведение новых модулей зарезервировано 12,6 млрд рублей.

Еще к МКС относится статья «Формирование и научно-техническое сопровождение выполнения программы научно-прикладных исследований и экспериментов на российском сегменте МКС... Определение ресурса элементов конструкции и корпусов» (ОКР «МКС Наука») с бюджетом 4,2 млрд рублей. В этой работе, как говорится в тексте проекта ФКП-25, в том числе планируется профинансировать «Программу отработки на российском сегменте МКС технологий перспективных элементов пилотируемой космической инфраструктуры». Очевидно, речь идет о перспективной орбитальной станции, которую РФ, возможно, будет строить на условиях софинансирования с одной или несколькими странами БРИКС. Но примечательно, что работа по определению облика перспективной станции (ОКР так и озаглавлен) из проекта ФКП-25 исчезла.

Суммарно на МКС Роскосмос просит у государства 268,9 млрд рублей. При этом общая смета раздела «Пилотируемые полеты» в проекте ФКП-25 — 329,7 млрд рублей.

Внебюджетные инвестиции в МКС вполне вероятны: РКК «Энергия», например, заявляла, что планирует начать регулярные программы отправки на МКС космических туристов, каждый из которых платит за полет десятки миллионов долларов. Но в ближайшие 2 года возить туристов не получится — места на российских космических кораблях выкуплены NASA. Пока, не имея в виду серьезный внебюджетный поток, мы можем подсчитать, что в среднем на МКС Россия готова тратить 26,8 млрд рублей в год, включая строительство новых ее сегментов. По текущему курсу это приблизительно $360 млн. 

Ранее бывший начальник управления пилотируемых программ Роскосмоса Алексей Краснов в интервью «Известиям» заявлял, что содержание МКС обходится в $6–6,5 млрд в год, из которых бюджет NASA покрывает половину, остальные расходы делят Европейское космическое агентство, Японское агентство по космосу и Роскосмос. Суммарный вклад Роскосмоса на тот момент, то есть на весну 2013 года, Краснов оценивал в $1 млрд в год.

— Когда резать приходится серьезно, пилотируемую космонавтику вниманием не обойдешь, поэтому нынешний секвестр вполне логичен, — говорит научный руководитель Института космической политики Иван Моисеев. — Но в то же время в этом разделе есть некоторый нижний предел — затраты на МКС. Россия обязана поддерживать и обслуживать станцию, поэтому тут много сэкономить не получится. В этой ситуации было бы логично отказаться от строительства нового пилотируемого корабля: ведь если на Луну мы пока не летим, то и корабль для лунных экспедиций нам вроде как пока не очень нужен. До МКС космонавты прекрасно добираются на «Союзах». Но вычеркивание такого крупного проекта (58,2 млрд рублей в проекте ФКП-25. — «Известия») плохо скажется на состоянии РКК «Энергия» — головной структуры Роскосмоса в пилотируемой космонавтике. Поэтому проект защищают всеми силами, и грандиозный пиар нового корабля, публичные выборы имени для него — это тоже своего рода защита проекта.