14 мая 1996 года с космодрома Байконур был осуществлен запуск ракеты-носителя "Союз-У", которая должна была вывести на околоземную орбиту спутник-фоторазведчик "Комета". Из-за разрушения головного обтекателя на 49-й секунде полета ракета взорвалась.

20 июня 1996 года с космодрома Плесецк стартовала ракета-носитель "Союз-У" с военным спутником серии "Космос". Из-за срыва обтекателя носитель сбился с курса и, поднявшись примерно на восемь километров, упал в тайгу недалеко от космодрома.

16 ноября 1996 года состоялся старт космического аппарата "Марс-96". Из-за нештатного включения второго разгонного блока космический аппарат, не получив требуемой скорости, остался на прежней (промежуточной) орбите. На ней он просуществовал до утра 17 ноября. Падение станции произошло в акватории Тихого океана восточнее Австралии.

20 мая 1997 года при запуске с космодрома Байконур двухступенчатой ракеты-носителя "Зенит-2" с космическим аппаратом серии "Космос" на 49-й секунде произошло аварийное выключение двигателя первой ступени. В результате ракета упала в 28 километрах от стартового комплекса.

В ночь на 10 сентября 1998 года с космодрома Байконур был произведен запуск украинской ракеты-носителя "Зенит-2". Она должна была вывести на орбиту 12 низкоорбитальных американских спутников. Через пять минут после пуска обломки ракеты и космических аппаратов упали на границе Алтая и Тувы.

5 июля 1999 года на космодроме Байконур состоялся первый запуск тяжелой российской ракеты "Протон" с новым разгонным блоком "Бриз-М". На пятой минуте полета произошло аварийное выключение двигательной установки второй ступени ракеты. Третья ступень "Протона" с разгонным блоком и самим спутником упала в Карагандинской области примерно в тысяче километров от места старта.

27 октября 1999 года с космодрома Байконур состоялся запуск спутника связи "Экспресс-А1" при помощи ракеты-носителя "Протон-К". На 4-й минуте полета связка из спутника, разгонного блока ДМ2М, второй и третьей ступеней ракеты, развалилась в воздухе в 30 км от Земли.

21 ноября 2000 года с космодрома Плесецк был осуществлен запуск ракеты-носителя "Космос-3М" с космическим аппаратом "Квик Берд" (США). После вхождения в зону видимости российских комплексов "Квик Берд" в установленное время на связь с Землей не вышел. Межведомственной комиссии не удалось установить причину потери российской ракеты-носителя с американским спутником.

27 декабря 2000 года с космодрома Плесецк произведен запуск ракеты-носителя "Циклон-3" с шестью космическими аппаратами. Во время работы третьей ступени "Циклона" произошло аварийное выключение двигательных установок. В результате третья ступень вместе с космическими аппаратами не была выведена на расчетную орбиту.

15 октября 2002 года с космодрома Плесецк стартовала ракета-носитель среднего класса "Союз-У" с космической лабораторией "Фотон-М". Через 29 секунд после запуска 400-тонная ракета из-за технического сбоя в работе ее первой ступени взорвалась и разрушилась. В результате ЧП с ракетой "Союз-У" погиб один человек и восемь человек получили ранения.

26 ноября 2002 года с космодрома Байконур стартовала ракета-носитель "Протон-К" с европейским космическим спутником телевещания и связи "Астра-1К". В процессе вывода спутника второе включение маршевых двигателей разгонного блока МД-3 прошло нештатно. В результате спутник оказался на опасной, очень низкой орбите -- около 200 км от Земли.

21 июня 2005 года с космодрома Плесецк состоялся запуск космического аппарата связи "Молния-3К" ракетой-носителем "Молния-М". Пуск был прекращен на 298-й секунде полета ракеты-носителя.

В тот же день, 21 июня 2005 года, ракета-носитель "Волна" с уникальным космическим аппаратом "Космос-1", оснащенным "солнечным парусом", стартовала с российской подводной лодки в Баренцевом море. Однако в расчетное время "Космос-1" не был выведен на орбиту. На 83-й секунде полета двигатель ракеты-носителя прекратил работу, аппарат упал в воду.

8 октября 2005 года с космодрома Плесецк был запущен европейский спутник CryoSat с помощью российской ракеты-носителя "Рокот". Во время полета не произошло разделение второй и третьей ступени ракеты, в результате ракета вместе со спутником упала в Северный Ледовитый океан.

20 июля 2006 года был перенесен на два месяца первый запуск с космодрома Байконур новой российской ракеты-носителя 'Союз-2.1а' с европейским метеоспутником Metop. Причина отмены старта -- неполадки в системе математического обеспечения ракеты-носителя. Запуск "Союза-2.1а" был запланирован еще на 17 июля, но несколько раз переносился на сутки из-за программных ошибок.

В ночь на 27 июля 2006 года с космодрома Байконур была запущена конверсионная ракета-носитель "Днепр" с 18 микроспутниками. Среди них был первый белорусский космический аппарат "БелКа", российский "Бауманец", а также несколько зарубежных спутников. Через полторы минуты полета произошло аварийное прекращение работы двигателя первой ступени.