Прокурор Бернхард Хехт требовал для подсудимых до 15 месяцев условного заключения. По словам прокурора, в компании царила "атмосфера халатного отношения к своим обязанностям". Поэтому ответственность за катастрофу лежит и на руководстве "Скайгайда". Тем не менее бывший директор "Скайгайда" Ален Россье, ушедший в отставку в декабре 2006 года, избежал уголовного обвинения.

Во время судебных слушаний выяснилось, что до 2 июля 2002 года в том же районе, где произошло столкновение самолетов, были зафиксированы три опасных сближения воздушных судов и одна катастрофа. Однако в "Скайгайде" в этой связи так и не приняли каких-либо мер: компания компенсировала нехватку персонала и экономила деньги.

Весь процесс адвокаты обвиняемых перекладывали ответственность за катастрофу на дежурного диспетчера Питера Нильсена, который в ходе следствия признавался, что за 15 минут до катастрофы контролировал 15 самолетов, находившихся в воздухе. При этом работал один на двух радарах одновременно и провел 118 радиопереговоров. Из-за того, что на радарах были разные масштабы, по словам Нильсена, он не мог точно оценить расстояние между самолетами.

Также на момент катастрофы из-за профилактических работ была выключена звуковая система оповещения, а немецкие авиадиспетчеры, заметившие сближение воздушных судов, не могли дозвониться в "Скайгайд" из-за неисправности телефона.

Поскольку Нильсен был убит 24 февраля 2004 года россиянином Виталием Калоевым, потерявшим в катастрофе жену и двоих детей, Калоев оказался единственным человеком, причастным к катастрофе и лишенным свободы.