Изначально научно-исследовательские и опытно-конструкторские работы (НИОКР) по Ил 96-400 планировалось финансировать до 2012 года. При этом в предыдущей версии программы на доработку и сертификацию Ил 96-400 выделялось в 2008 - 2010 годах по 70 млн руб. в год, а в 2011 и 2012 годах - по 50 млн.

В разделе текущих проектов в таблице 'Доработка и сертификация специализированной авиационной техники' на доработку самолётов Ил 96-400 Т/М в новой версии программы предусмотрено 75 млн руб. на 2007 год и 80 млн руб. на 2008 год, но в графах '2009 год', '2010 год' и '2011 - 2015 годы' против отметки 'Ил 96-400 Т/М' стоят прочерки.

Изменения в ФЦП утверждены постановлением правительства № 364 от 7 мая 2008 года.

В программе также не предусмотрены ассигнования на серийное производство сертифицированного в 2003 году ближнемагистрального самолёта Ту-334, несмотря на то что государство выразило намерение приобрести шесть машин для авиаотряда, обслуживающего высших должностных лиц.

Объём финансирования НИОКР из государственного бюджета в скорректированной программе не изменился, но перераспределено финансирование по отдельным программам.

'Программу модернизации Ил 96-400 оставлять нельзя. Мы понимаем, что в своём нынешнем виде Ил 96-400 будет проигрывать своим зарубежным конкурентам, но с двигателем НК-93 есть шанс обогнать их. Его испытания, к сожалению, затянулись, но ведь это прорывной двигатель, опережающий все зарубежные разработки', - сообщил руководитель пресс-службы компании 'Ильюшин Финанс Ко' (ИФК) Андрей Липовецкий. 'У нас есть и технология, и практика производства широкофюзеляжных дальнемагистральных самолётов, - продолжил он. - Мне кажется очень странным, что Россия отказывается от дальнейшей работы над техникой, которая обеспечивает прежде всего транспортную безопасность страны'. Дальнейшее развития этого направления России необходимо, убеждён представитель ИФК.

Пресс-секретарь Объединённой авиастроительной корпорации Максим Сысоев пояснил, что решено было сосредоточиться на других перспективных продуктах. Основной объём средств добавлен на развитие модели Ту 204-СМ, кроме того, детализировали программу разработки перспективного среднемагистрального самолёта МС-21. На лётные испытания двигателя НК-93 в этом году выделено 94 млн руб. Было решено, что 'дальнейшая модернизация Ил-96 не принесёт большого количества заказов', поэтому её можно прекратить.