К сожалению, полностью реализовать программу проекта не удалось. В начале сентября 1988 г. была потеряна связь с 'Фобосом-1'. Случилось это из-за ошибки оператора, выдававшего команды на борт аппарата. В результате отключилась система ориентации, и солнечные батареи 'отвернулись' от светила. Бортовые системы стали получать все меньше энергии, и к тому моменту, когда это было обнаружено, межпланетная станция оказалась не в состоянии реагировать даже на мощные радиосигналы с Земли и выполнять какие-либо команды.

'Фобос-2', подойдя к Марсу, выполнил большой объем исследований. Однако после сближения с марсианским спутником для десантирования посадочных станций на его поверхность и проведения её комплексных исследований, включая детальную телевизионную съемку, радиосвязь со станцией прекратилась.

В целом сказались и пресловутый 'человеческий фактор', и сбои в работе техники. По сути, проект 'Фобос' стал для отечественной космонавтики некоей отправной точкой затянувшегося на многие последующие годы кризиса.

Подготовка следующей марсианской экспедиции 'Марс-96', длились около восьми лет, что во многом было связано со всеобщей неразберихой и хозяйственным хаосом, возникшим в связи с перестроечными процессами в стране.

Новая межпланетная станция не имела  аналогов среди автоматических средств исследований дальнего космоса по составу и массе научной аппаратуры. Но, из-за отказа разгонного блока, она даже не вышла на траекторию полета к Марсу.

Для российского научного космоса наступили черные дни. Деньги на планетные исследования выделялись в минимальном объеме. В это же время американцы и европейцы регулярно запускают к Марсу свои зонды. Поверхность 'красной планеты' уже несколько лет бороздят американские марсоходы - прототипы российской разработки, которая так и не вышла в космос и нашла себе пристанище в музее ИКИ РАН.

Сегодня ситуация, похоже, выправляется. Разработана поэтапная отечественная программа исследований Марса, реализация которой должна начаться  запуском в октябре 2009 г. автоматической межпланетной станции 'Фобос-Грунт'. Стоимость проекта экспедиции за счет модульного построения космического аппарата и максимального использования отработанных технических решений составит около полутора млрд. руб., что, по мировым стандартам, не так уж и много. В отличие от 'Марса-96' новую станцию выведет на орбиту не тяжелая и дорогостоящая ракета 'Протон', а носитель среднего класса 'Зенит'. Основная цель проекта - доставка грунта с поверхности марсианского спутника.

Фобос, несмотря на малые его размеры - всего двадцать километров в поперечнике, чрезвычайно интересное космическое тело для исследований, которые помогут разгадать происхождение Земли и других планет Солнечной системы, как и многие другие ее тайны. Дело в том, что планеты за долгое время существования претерпели множество изменений из-за вулканической активности, внутреннего нагрева и т.п. Малые тела избежали таких воздействий. Поэтому исследования реликтового вещества с Фобоса поможет понять природу исходного материала, из которого сформировались планеты Солнечной системы.

Для проведения исследований в ходе межпланетного перелета и на поверхности марсианского спутника на станции разместят значительный объем научной аппаратуры. В её составе будут, в частности, приборы для изучения свойств грунта 'на месте' и дистанционного зондирования Марса с орбиты его искусственного спутника. Одна из целей этих экспериментов - выбор районов, наиболее перспективных для последующих контактных исследований с посадкой космических аппаратов на марсианскую поверхность.

Хотя окончательный список научной аппаратуры, которой оснастят станцию, еще уточняется, общий план экспедиции определен. Перелет к Марсу составит около 10 месяцев. Прибыв к планете, космический аппарат будет несколько месяцев обращаться вокруг нее по орбите, близкой к орбите Фобоса, и проводить его исследования.

Затем выполняется посадка на марсианский спутник, где одной из важнейших задач станет отбор грунта. После его отправки на Землю в возвращаемом аппарате, станция не прекратит работу и должна будет, еще как минимум год, посылать ученым информацию и о Фобосе, и о самом Марсе.

Вторым этапом предлагаемой отечественной программы марсианских исследований должны стать контактные исследования в выбранных в ходе реализации проекта 'Фобос-Грунт' районах поверхности планеты. С этой целью на Марс возможно будет доставлен марсоход.

Третий этап планируется в рамках миссии 'Марс-Грунт'. Её основной задачей станет доставка на Землю образца марсианского (планетного) вещества.

По мнению Георгия Полищука - Генерального конструктора и Генерального директора 'НПО им.С.А.Лавочкина' - головной организации по разработке конструкции космического аппарата для 'Фобос-Грунт' - на сегодняшний день для успешной реализации миссии серьезных технических препятствий нет. Подготовка проекта находится на завершающей стадии.

Для российских ученых исследования Фобоса - замечательная ниша, оставленная не тронутой их западными коллегами. Но, если не реализовать проект в 2009 г. и сдвинуть его на более поздний срок, когда относительное расположение Земли и Марса с точки зрения баллистики станет менее благоприятным, потери будут значительными. И не только научные, но и морально-политические, поскольку Россия в очередной раз не выполнит свои обязательства перед зарубежными партнерами.