В своем официальном сообщении авиакомпания правительства Москвы подтвердила, что Деятельность Красноярского филиала была приостановлена из-за нерентабельности выполнения рейсов, а также в связи с отсутствием необходимого парка самолетов.

Но 4 декабря авиакомпания еще не приняла решения о ликвидации филиала в Красноярске и обсуждает будущее красноярского отделения с администрацией края. Власти региона в качестве спасительного средства рассматривают возможность приобрести несколько воздушных судов, которые будут переданы авиакомпании в аренду.

По словам министра промышленности и энергетики края Дениса Пашкова, филиал находится на грани закрытия, у компании не хватает не только самолетов, но и соответствующего финансирования. «Работать в Сибири официальному перевозчику правительства Москвы оказалось нерентабельно, - признал министр.

Руководство «Атлант-Союз» предложило правительству края закупить 6 самолетов Ту-154. Власти региона пока ответ на это предложение не дали. «Атлант-Союз» сменил на рынке перевозчика-банкрота «КрасЭйр», а часть сотрудников обанкротившейся авиакомпании была принята на работу в «Атлант-Союз».

«КрасЭйр» входила в альянс AiRUnion, участники которого один за другим объявили о банкротстве осенью 2008 года. Три авиакомпании авиаальянса - «Самара», «КрасЭйр» и «Домодедовские авиалинии» признаны банкротами, в их отношении введено конкурсное производство. В рамках процедуры имущество компаний было выставлено на торги, а сами авиакомпании подлежат ликвидации. По совокупности заявленных претензий, общий долг трех авиакомпаний перед кредиторами составляет более 26,4 миллиарда рублей.

Процедура банкротства была возбуждена в отношении ОАО «КрасЭйр» в декабре 2008 года. Более 100 компаний подали заявления в Арбитражный суд Красноярского края о включении в реестр кредиторов авиакомпании. Общий объем претензий составил почти 14,208 миллиарда рублей. 6 июля «КрасЭйр» была официально признана банкротом.

Летом 2009 года арбитражный суд Омской области признал банкротом и «Омскавиа», также входившую в распавшийся альянс AirUnion. Авиакомпания из-за финансовых проблем фактически прекратила полеты с середины сентября прошлого года. В ноябре 2008 года авиакомпания «Омскавиа» обратилась в Арбитражный суд области с заявлением о признании себя банкротом. Имущество перевозчика было продано, а вырученные средства пошли на погашение 406 миллионов рублей задолженности перед кредиторами.

Также процедуру банкротства переживает авиакомпания «КД Авиа» . 2 октября арбитражный суд Калининграда признал обоснованным заявление «КД Авиа» о банкротстве и ввел в компании процедуру наблюдения до 26 января 2010 года. Во главе авиакомпании назначен временный управляющий. Сумма задолженности перед кредиторами, указанная «КД Авиа» в исковом заявлении, составляет 11 млрд 728,88 млн рублей, но по данным Росавиации, он приближается к 14 миллиардам рублей.

С весны авиакомпания не платит своим сотрудникам, в том числе летным экипажам. По факту невыплат денег персоналу авиакомпании региональное управление Следственного комитета расследует уголовное дело. Арестованы 67 счетов «КД Авиа» в 12 банках.

«Атлант-Союз» имеет статус авиаперевозчика правительства Москвы и должен войти в состав будущей государственную авиакомпанию «Росавиа». Предполагалось, что в нее войдут «Атлант-союз» и полученные «Ростехнологиями» от государства шесть перевозчиков, в том числе ГТК «Россия», «Владивосток авиа» и «Оренавиа».

Новый перевозчик должен составить конкуренцию «Аэрофлоту». По итогам первого полугодия 2009 года все семь компаний - будущих участников «Росавиа»  перевезли 3,02 млн пассажиров. С этим показателем «Росавиа» должно занять второе место в списке крупнейших российских авиакомпаний.

Однако процесс формирования «Росавиа» может затянуться именно из-за нерешенных финансовых проблем «Атлант-Союз». В августе 2009 года правительство Москвы отложило процесс объединения «Атлант-союза» с авиационными активами «Ростехнологий» так как «Атлант-союз» нуждается в финансовом оздоровлении: чистый долг перевозчика составляет 11 с половиной млрд рублей и превысил выручку на 69%. Значительная часть долгов авиакомпании - затраты по перевозке пассажиров и погашению обязательств альянса AiRUnion в 5,8 млрд рублей.

Тогда же в августе Юрий Лужков обратился к премьер-министру Владимиру Путину с просьбой оказать содействие в компенсации затрат во избежание банкротства «Атлант-союз».