Правка в нем внесена в пункт седьмой четвертого абзаца. Отныне он представлен в следующей редакции: "письма о согласовании (проведении согласования) выполнения перевозок с назначенными от имени Российской Федерации перевозчиками, выполняющими перевозки по заявляемым воздушным линиям, в случаях, предусмотренных международными договорами Российской Федерации (при отказе в согласовании назначенные перевозчики обязаны предоставить письменное обоснование отказа)".

Кроме этого, "при представлении перевозчиком в соответствии с пунктом 7 настоящего Порядка писем назначенных перевозчиков с отказом в согласовании перевозок структурное подразделение проводит анализ и оценку обоснованности данного отказа и подготавливает материалы о возможности допуска либо об отказе в допуске". То есть мотивации назначенных перевозчиков об отказе будут лишь приняты к сведению Росавиацией, но не станут считаться руководством к действию, поясняет Aviation EXplorer.

В апреле 2010 года российские авиакомпании начали спор вокруг перевозок по маршруту Москва - Ларнака и Москва - Ираклион. Шесть перевозчиков - "Трансаэро", "Оренбургские авиалинии", "Атлант-Союз", "ВИМ-Авиа", "Таймыр" и SkyExpress  - направили письмо министру транспорта РФ Игорю Левитину с требованием выдать разрешения на выполнение чартерных программ без согласования назначенных перевозчиков при наличии соответствующих условий в международных договорах.

"Аэрофлот" со своей стороны заявил, что появление чартерных рейсов в Ларнаку и Ираклион, где он является назначенным перевозчиком, нанесет ему экономический ущерб. Компания ссылалась на приказ Минтранса №92 от 17 июня 2008 года "Порядок допуска перевозчиков, имеющих соответствующие лицензии, к выполнению международных воздушных перевозок пассажиров и (или) грузов". Согласно ему авиакомпании, подавшие заявки на выполнение чартеров на маршрутах регулярных авиаперевозчиков, должны согласовать свои действия с назначенным перевозчиком.

Гендиректор "Трансаэро" Ольга Плешакова 10 июня заявила, что межправительственные соглашения об авиаперевозках России с рядом стран, в частности, с Кипром, устарели. По ее словам, еще с тремя государствами существуют такие же соглашения, которые не менялись с начала 90-х годов и "учитывали интересы только одного предприятия, на тот момент осуществлявшего перевозки". Она отметила, что ранее ни одна российская компания не прибегала к приказу Минтранса, в том числе и "Трансаэро", которая является назначенным перевозчиком, например, на тунисском направлении. Плешакова добавила, что "ситуация с Ларнакой выглядит как абсолютно не рыночная, и мы ее называем "государственный протекционизм в поддержку государственного перевозчика".

В конце мая комиссия по допуску перевозчиков к выполнению международных перевозок Росавиации рассмотрела заявки авиакомпаний на выполнение чартерных рейсов в Грецию, Болгарию, Тунис, Индию, Китай и на Кипр и пришла к выводу, что назначенные авиаперевозчики способны самостоятельно удовлетворить спрос на пассажирские перевозки по популярным туристическим направлениям. При этом по ряду направлений назначенные авиакомпании, исходя из анализа своих провозных емкостей, согласовали возможность выполнения ограниченного количества чартерных рейсов другими, не назначенными авиакомпаниями. В частности, "Трансаэро" получила разрешение на выполнение разовых чартерных рейсов по маршруту Москва - Ларнака - Москва.

Впрочем, "Трансаэро" на этом не остановилась, а обратилась в суд, который 20 июля и выиграла. Арбитраж признал незаконными действия Росавиации по отзыву допуска авиакомпании к выполнению чартерных международных рейсов по маршруту Москва - Ларнака.