Александр Зелин являлся самым старым назначенцем из всех главкомов периода Анатолия Сердюкова. За пять лет, проведенные на посту, генерал Зелин застал все этапы запущенной в 2008 году реформы армии, однако добиться выполнения самой амбициозной задачи — создания войск воздушно-космической обороны на базе ВВС — не смог. Хотя еще в 2008 году он говорил о том, что "для реализации целей и задач по созданию системы ВКО" необходима "скорейшая интеграция ВВС и систем ракетно-космической обороны под единым руководством и управлением в составе ВВС". Однако в итоге площадкой для создания войск ВКО были выбраны космические войска. Руководство Минобороны посчитало, что их структура не нуждается в столь глобальной реформе.

"После того как в ноябре президент подписал указ о назначении генерала Остапенко командующим войсками ВКО, Зелин был готов уйти в отставку почти сразу,— говорит источник "Ъ" в Минобороны.— Он спокойно отреагировал, когда фронтовая авиация перешла в подчинение оперативных стратегических командований, но то, что командование ПВО и ПРО Центрального региона было выведено из подчинения главкома ВВС, он принять не смог". По данным источников "Ъ" в окружении Александра Зелина, генерал подал рапорт об увольнении по собственному желанию в начале января. Сам же проект указа об отставке главкома, по данным "Ъ", был отослан из аппарата министра обороны Анатолия Сердюкова на окончательное подписание в администрацию президента лишь в конце февраля.

До этого момента генерал Зелин не проявлял недовольства тем, что в результате реформы круг его полномочий значительно сузился, утверждают источники, близкие к штабу ВВС. В его подчинении остались только командования дальней авиации, включающие стратегические и средние бомбардировщики, самолеты военно-транспортной авиации, центр подготовки авиационного персонала в Липецке, ряд учебных заведений по подготовке летчиков, а также центры боевого применения в Астрахани и Ахтубинске. По словам источников "Ъ", не вызвало у генерала Зелина возмущения и то, что главкомат был существенно сокращен в численности — до 150 человек. Несмотря на то что фронтовая авиация и бригады ПВО были переведены в подчинение командующих округами, главкомат ВВС продолжил осуществлять функции планирования, а также кадровой и боевой подготовки. "Он целиком и полностью был лоялен реформенным настроениям Николая Макарова",— подчеркнул источник "Ъ" в Генштабе, добавив, что пока временно исполнять обязанности главкома будет начальник штаба ВВС генерал-майор Виктор Бондарев.

"Он пять лет проработал в тяжелейших условиях, поскольку непрерывно велась реформа армии, которая очень сильно урезала полномочия ВВС,— заявил "Ъ" бывший главком ВВС Владимир Михайлов.— Сомнений в том, что он сделал все, что было в его силах, у меня нет. Иначе я бы не рекомендовал его на должность вместо себя".

Вместе с отставкой генерала Зелина в Минобороны произошел еще ряд кадровых перестановок — в генштабе, сухопутных войсках и командовании Центральным военным округом. Указом президента замначальника Генштаба генерал-полковник Валерий Герасимов был назначен командующим войсками Центрального военного округа. На место замначальника генштаба пришел генерал-полковник Александр Постников-Стрельцов, освобожденный от должности главнокомандующего сухопутных войск. Последними с сегодняшнего дня будет командовать генерал-полковник Владимир Чиркин, покинувший должность командующего войсками Центрального военного округа. По словам собеседников "Ъ" в военном ведомстве, эти перестановки осуществлялись в рамках плановых ротаций, проводимых начальником генштаба генералом армии Николаем Макаровым.