Первые попытки наладить воздушное сообщение в России относятся к 1920 году, когда совершались гражданские рейсы по маршрутам Сарапул—Екатеринбург и Смоленск—Гжатск—Москва. В 1921 году был открыт маршрут Москва—Орел—Харьков, но полеты совершались не слишком регулярно. 8 ноября 1921 года было создано русско-германское общество "Дерулюфт", открывшее почтово-пассажирскую линию по маршруту Москва—Кенигсберг. За первый год работы "Дерулюфт" перевез 338 пассажиров и 1047 кг грузов, чем была доказана достаточно высокая эффективность воздушного транспорта. Поэтому 9 февраля 1923 года Совет труда и обороны РСФСР принял постановления "Об организации Совета по гражданской авиации" и "О возложении технического надзора за воздушными линиями на Главное управление воздушного флота". Перед вновь созданными организациями стояла задача наладить систему внутреннего воздушного сообщения, и эта задача была выполнена в кратчайшие сроки.
17 марта 1923 года в Москве было основано Российское общество добровольного воздушного флота "Добролет", ставшее предтечей "Аэрофлота". Параллельно были основаны общества "Укрвоздухпуть" в Харькове и "Закавиа" в Баку. "Добролет" был акционерной компанией, акции которой продавались Промбанком по 1 золотому рублю за штуку. Распространение акций сопровождалось агрессивной рекламой. На плакатах общества можно было прочитать: "Тот не гражданин СССР, кто "Добролета" не акционер", "Стыдитесь, вашего имени еще нет в списке акционеров "Добролета"" и т. п. К сочинению рекламных слоганов приложил руку Владимир Маяковский, а логотип компании нарисовал Казимир Малевич. Об уровне сервиса и безопасности тогдашних полетов можно судить по инструкции для пассажиров: "После взлета необходимо следить за колесами и, если колесо останется на земле или оторвется в воздухе, нужно поставить в известность об этом летчика".
Первый полет "Добролета" состоялся 15 июля 1923 года по маршруту Москва—Нижний Новгород. Вскоре "Добролет" начал перевозки в Средней Азии, Крыму и на Волге. Уже в 1925 году самолеты компании совершили более 2 тыс. полетов, перевезя 14 тыс. пассажиров и 1275 тонн грузов, в то время как компании-конкуренты развивались значительно медленнее. Со временем "Укрвоздухпуть" поглотил "Закавиа", а потом и сам был поглощен "Добролетом". В октябре 1930 года "Добролет" и Совет по гражданской авиации были преобразованы во Всесоюзное объединение гражданского воздушного флота, которое в феврале 1932 года превратилось в Главное управление Гражданского воздушного флота, получившее краткое название "Аэрофлот".
В последующие годы "Аэрофлот" продолжал расти. В 1940 году ему были переданы все авиакомпании прибалтийских республик, в 1948 году он получил авиацию Министерства лесного хозяйства СССР, а через год — рыбного хозяйства. Трофейные транспортные самолеты, полученные в Германии, также передавались "Аэрофлоту". После подчинения ему полярной авиации в 1960 году "Аэрофлот" сделался абсолютным монополистом в области авиаперевозок на территории СССР. К этому времени парк авиакомпании существенно обновился и его основу составили самолеты отечественной конструкции. Если еще в 1940-е годы основным самолетом был Ли-2, выпускавшийся по американской лицензии, то в 1950-е годы его сменили Ил-12 и Ил-14. В 1956 году в эксплуатацию поступил первый советский реактивный пассажирский самолет Ту-104, который долго оставался одной из самых технологически совершенных машин в мире. Большую популярность завоевал Ту-114, бывший в начале 1960-х годов самым крупным пассажирским самолетом в мире, а также Ил-62, Ил-86 и другие отечественные лайнеры.
"Аэрофлот" считался самой большой авиакомпанией в мире уже начиная с 1940-х годов, а в 1980-е компания перевозила более 120 млн пассажиров в год, за что была занесена в Книгу рекордов Гиннесса. К концу десятилетия число пассажиров достигло 130 млн в год. Самолеты "Аэрофлота" совершали рейсы на все континенты, за исключением Антарктиды. В распоряжении "Аэрофлота" находились все виды авиационной техники, включая вертолеты, малые самолеты сельскохозяйственной авиации, транспортные самолеты Ан-124 "Руслан", перевозившие сверхтяжелые грузы, машины, предназначенные для научно-исследовательских полетов и т. п.
Между тем начинали ощущаться проблемы. На внутренних авиалиниях пассажиры все чаще жаловались на недостаточный уровень сервиса. На международном уровне возникали трудности из-за продолжавшейся холодной войны. Так, в 1983 году в ответ на уничтожение советским истребителем корейского Boeing США запретили полеты "Аэрофлота" над своей территорией. С началом перестройки в 1986 году запрет был отменен, а в 1989 году "Аэрофлот" вступил в Международную ассоциацию воздушного транспорта.
С распадом СССР собственность "Аэрофлота" начала дробиться. В новых независимых государствах создавались собственные авиакомпании, и к середине 1990-х на месте перевозчика-монополиста появилось порядка 300 авиакомпаний. В 1994 году "Аэрофлот" был превращен в акционерное общество, но 51% акций остался в руках государства. В начале 2000-х годов "Аэрофлот" провел ребрендинг и начал активную экспансию на внутреннем и внешнем рынках, вернув себе значительную часть утраченных позиций.