Разработка тяжелого транспортника «Атлант» стартовала в 1976 году и велась в рамках более масштабного проекта «Рассвет», позднее переименованного в «Энергию». Согласно постановлению ЦК КПСС и Совета министров СССР, советская промышленность должна была создать новую универсальную ракетно-космическую транспортную систему, ответственную за выведение на орбиту Земли различных тяжелых космических аппаратов, включая перспективные «Бураны». Исполнителями проекта были назначены научно-производственное объединение «Энергия», НПО «Молния», ОКБ «Буревестник» и экспериментальный машиностроительный завод имени Мясищева.

При создании новой ракеты-носителя разработчики были вынуждены искать возможность транспортировки крупногабаритных блоков ракеты и космических кораблей с площадок заводов на космодром «Байконур» и обратно для обследования и подготовки к новому старту. На первом этапе к проекту было привлечено конструкторское бюро имени Антонова, который предлагал модернизацию и модификацию уже существующего транспортника Ан-22. Впоследствии от этой идеи отказались, а поскольку разработка более подходящего для перевозки негабаритных грузов Ан-124 «Руслан» должна была завершиться через несколько лет, участники проекта «Рассвет» решили поискать временное решение.

Такое решение было найдено. ЭМЗ имени Мясищева начал создание тяжелого транспортного самолета под шифром «3-35». На самом заводе новый самолет получил обозначение 3М-Т «Атлант», поскольку для сокращения времени проектирования и испытания его решено было сделать на базе стратегического бомбардировщика 3М (буква Т в 3М-Т означает «транспортный»). Конструкторы рассматривали несколько вариантов переделки бомбардировщика и в итоге остановились на наиболее простом из них: оснащении 3М новым двухкилевым разнесенным оперением, грузовым отсеком внутри фюзеляжа, а также специальным надфюзеляжным креплением, которое должно было позволить перевозить грузы длиной, сопоставимой с длиной самолета.

Для разработки нового транспортника ВВС СССР вывели из своего состава три стратегических бомбардировщика 3МН с бортовыми номерами «1402», «1502» и «1504». Последний был переконфигурирован в статический образец для проведения прочностных испытаний. Остальные два самолета прошли переделку, в которой также приняли участие специалисты завода имени Хруничева, Ташкентского и Омского авиационных производственных объединений. Бомбардировщики, в частности, получили новое оперение, усиленное шасси и планер, а также лишились створок бомболюка и вооружения. В 1980 году начались наземные испытания нового транспортника, а спустя год 3М-Т совершил первый полет.

В целом программа разработки транспортника велась в сжатые сроки. Уже в 1982 году 3М-Т выполнил первые два транспортных рейса из Куйбышева (ныне Самара) на Байконур. Самолет перевез водородный бак, носовой и хвостовой обтекатели, а также кислородный бак, приборный и двигательный отсеки и головную часть ракеты-носителя «Энергия». В том же году самолет поступил на вооружение. Его длина составляла 58,7 метра, размах крыла ─ 53,14 метра, высота ─ 14 метров. При максимальной взлетной массе в 210 тонн 3М-Т мог перевозить грузы массой до 50 тонн на расстояние до 9,4 тысячи километров.

Свое новое название ─ ВМ-Т ─ «Атлант» получил в начале 1980-х годов. Для выполнения транспортных рейсов один из 3М-Т был выкрашен в цвета «Аэрофлота», а на борту его была сделана надпись «3М-Т». Впоследствии, чтобы скрыть бомбардировочное прошлое, было решено надпись стереть, но в конечном итоге этого делать не стали. Цифру 3 в ней исправили на букву В. Впрочем, по официальным документам самолет все равно проходил под обозначением 3М-Т.

В 1983 году, когда один из транспортников уже выполнял регулярные грузовые рейсы на Байконур, второй экземпляр ВМ-Т приступил к летным испытаниям с макетом «Бурана», у которого был отсоединен киль. Масса макета составляла около 45 тонн. Всего в подмосковном Жуковском было выполнено восемь полетов, последний из которых из-за ошибки второго пилота закончился аварией ─ 3М-Т сошел со взлетно-посадочной полосы и зарылся в грунт. В 1988 году один из транспортников доставил на «Байконур» части космического аппарата «Буран». В октябре 1988 года «Буран» совершил первый беспилотный полет вокруг Земли.

Вскоре после успешного запуска «Бурана» программу ВМ-Т свернули, а самолеты были законсервированы на неопределенный срок. В 1989 году они уже были официально сняты с вооружения ВВС СССР. Один из законсервированных самолетов сегодня находится в поселке Дягилево недалеко от Рязани. За все время эксплуатации ВМ-Т выполнили около 150 испытательных и транспортных полетов. О транспортнике вспомнили только в середине 1990-х годов, когда инженеры предложили использовать самолеты на базе 3М для коммерческой и государственной транспортировки негабаритных грузов и воздушного запуска космических аппаратов. Однако эти идеи пока не воплощены в жизнь.

В августе 2013 года на статической стоянке авиасалона МАКС-2013 в подмосковном Жуковском публике показали один из двух построенных транспортников ВМ-Т. Он хранился на территории ЭМЗ Мясищева на открытой стоянке. По данным завода, в настоящее время предприятие занимается расширением производственных площадей и над самолетом возникла угроза утилизации. Администрация Жуковского решила сохранить ВМ-Т, восстановив самолет и передав его национальному авиационному музею, создаваемому в городе.