Запуск космического корабля «Союз МС-10» со стартовой площадки №1 («Гагаринский старт») космодрома Байконур при помощи ракеты «Союз-ФГ» состоялся в 11:40 по московскому времени. Проблем с предстартовой подготовкой носителя не возникло: специалисты ракетно-космической корпорации (РКК) «Энергия» (разработчик корабля) штатно выполнили общую сборку. Впоследствии ракета была вывезена на площадку и заправлена. За запуском на Байконуре наблюдали гендиректор «Роскосмоса» Дмитрий Рогозин и руководитель NASA Джим Брайденстайн, он был посвящен 100-летию завода экспериментального машиностроения РКК «Энергия».
 
Начало не предвещало проблем: ракета штатно ушла со старта, показатели работы систем и агрегатов находились в допустимых пределах, о чем своевременно оповещал диктор по общей трансляции на Байконуре. Ситуация кардинально поменялась после 117-й секунды полета. В этот момент, согласно циклограмме, должно было произойти отделение первой ступени (четырех боковых блоков) носителя. В этот момент произошла некая нештатная ситуация, повлекшая на 123-й секунде полета срабатывание системы аварийного спасения. Спускаемый аппарат отделился от ракеты и начал баллистический спуск по аварийной программе. Он приземлился примерно в 25 км к востоку от казахстанского города Джезказган. Связь с экипажем была установлена практически сразу. Спустя 41 минуту после аварии спасательная поисковая группа десантировалась с самолета Ан-12 на парашютах и взяла корабль под охрану. В течение часа в район приземления прибыла наземная группа спасателей на вездеходах и четыре вертолета Ми-8.
 
Космонавт Овчинин и астронавт Хейг были извлечены из капсулы и отправлены на обследование в одну из больниц Джезказгана. В четверг они уже перелетели на Байконур, откуда в пятницу утром должны прибыть на подмосковный аэродром Чкаловский. Их состояние оценивается как удовлетворительное, травм они не получили: перегрузка составила допустимые 6g (во время старта ракеты этот показатель достигает 7g). И Дмитрий Рогозин, и вице-премьер Юрий Борисов отметили высокую надежность системы аварийного спасения, благодаря которой экипажу удалось сохранить жизнь. Это первое за 35 лет чрезвычайное происшествие с носителями, используемыми в пилотируемой программе. 26 сентября 1983 года экипаж «Союза Т-10» в составе Владимира Титова и Геннадия Стрекалова столкнулся с пожаром ракеты на старте и выжил только благодаря системе аварийного спасения. Испытанная ими перегрузка при спуске доходила до 18g. А за восемь лет до этого, 5 апреля 1975 года, экипаж «Союза-18» (Василий Лазарев и Олег Макаров)  эвакуировался спустя 21,27 минуты полета из-за аналогичных проблем с отделением второй ступени ракеты. Тогда спускаемый аппарат приземлился на Алтае.
 
По сведениям “Ъ”, в четверг Дмитрий Рогозин поручил заместителю генерального директора Центрального научно-исследовательского института машиностроения Олегу Скоробогатову определить состав комиссии, которой предстоит выяснить причины ЧП. В первую очередь специалисты приступят к расшифровке телеметрической информации, изучению записей Go-Pro видеокамер, установленных на ракете, а также матчасти (обломки ракеты были обнаружены поисковой группой в четверг поздно вечером).
 
Впрочем, по словам двух источников “Ъ”, причастных к расследованию, причина аварии связана с тем, что один из четырех боковых блоков первой ступени не отделился. Произойти это могло по одной из трех причин, каждую из которых внимательно изучит комиссия.
 
Первая связана с отказом работы пирозамка бокового блока, вторая — с механическим повреждением его крепления. Третья теоретически может быть связана с автоматикой, не давшей команду на отстрел «боковушки», но она маловероятна, говорит один из собеседников. Для подтверждения или опровержения этой версии специалисты также поднимут документацию в ракетно-космическом центре «Прогресс» (Самара), где в апреле 2016 года был изготовлен рухнувший «Союз-ФГ». Сроки работы комиссии пока не оглашались, однако, по сведениям “Ъ”, специалистам на «разбор полетов» будет отведен примерно месяц.
 
До конца расследования в целях безопасности будет введен запрет на пуски ракет данного типа: так, по данным “Ъ”, ближайший пуск «Союза-ФГ» с космическим грузовиком «Прогресс МС-10» перенесен с 31 октября на первую половину декабря.
 
Все данные, полученные «Роскосмосом», будут направляться в NASA. «Мы не будем скрывать (данные.— “Ъ”) о причинах (аварии.— “Ъ”), это не принято в такой ситуации»,— подчеркнул вице-премьер Борисов. При этом он не исключил кадровых мер в отношении виновных в аварии, но призвал дождаться окончания работы комиссии. В СКР, в свою очередь, сообщили о возбуждении уголовного дела по ст. 216 УК РФ («нарушение правил безопасности строительных работ, повлекшее причинение крупного ущерба»).
 
«Союз-ФГ» считается одной из самых надежных ракет: с 20 мая 2001 года по 6 июня 2018 года было совершено 64 пуска, причем все из них были успешными. При этом именно эта модификация «Союза» была единственной, которую «Роскосмос» использовал для реализации пилотируемой программы. По состоянию на июль 2018 года на ответственном хранении РКЦ «Прогресс» находилось семь ракет: с учетом аварии в четверг и выделения одного носителя для запуска грузовика «Прогресс МС-10» у госкорпорации остается пять таких ракет. Как ожидается, все они будут использованы до конца 2019 года. А уже потом запуски пилотируемых кораблей будут переведены на носитель «Союз-2.1а», который используется для отправки грузов к МКС. Сейчас РКЦ «Прогресс» уже приступил к изготовлению первых трех ракет, первая из которых должна доставить экипаж «Союза МС-16» на орбиту весной 2020 года.
 
С финансовой точки зрения «Роскосмос» затрат понести не должен: ракета «Союз-ФГ» и корабль «Союз МС-10» были застрахованы на сумму до 4,66 млрд руб. И если данная авария будет признана страховым случаем, то, как заявила журналистам гендиректор страховой компании «Согласие» Майя Тихонова, «выплата по нему, возможно, станет одной из самых крупных за последние десятилетия».