С постановлением следствия о предъявлении обвинения в окончательной редакции, занявшим десять страниц, Раис Ахмадеев и Александр Томашов знакомились дважды. Первый раз следователь предложил бывшим высокопоставленным чиновникам МЧС, а также их адвокатам подписать документ в мае, однако тогда в тексте обнаружились ошибки. На этот раз процедура прошла без сложностей.
 
Как следует из постановления, Раис Ахмадеев в марте—июле 2016 года, пользуясь своим служебным положением и «вопреки обязанностям эффективно использовать бюджетные средства по их целевому назначению», израсходовал их на закупки, «не соответствующие условиям получения» денег. По версии следствия, господин Ахмадеев, зная о том, что между МЧС и ОАО «Таганрогский авиационный научно-технический комплекс имени Г. М. Бериева» (ОАО «ТАНТК им. Г. М. Бериева») в мае 2011 года был заключен госконтракт общей стоимостью 1,74 млрд руб. на поставку шести самолетов-амфибий Бе-200ЧС (по две машины в год), «сформировал преступный умысел» потратить деньги на другие цели, создав при этом «видимость, что действует во исполнение решения коллегии МЧС России». В результате руководитель департамента направил, по материалам дела, выделенные из федерального бюджета средства на приобретение двух вертолетов Ми-8, 110 пожарных машин, а также другой пожарно-спасательной техники для подразделения МЧС России.
 
Для реализации своего замысла, говорится в тексте обвинения в окончательной редакции, господин Ахмадеев вступил в преступный сговор с бывшим директором департамента развития МЧС Александром Томашовым, назначенным на эту должность в середине июня 2016 года. Высокопоставленные чиновники, как считает следствие, договорились, как придать нецелевым закупкам видимость законных. В частности, говорится в деле, господин Ахмадеев должен был передать по акту лимиты бюджетных обязательств господину Томашову, а уже тот — распределить их: на закупку пожарной техники в интересах МЧС Крыма, приобретение Ми-8АМТ для Сибирского центра МЧС и вертолета Ми-8МТВ-1 — для ГУ МЧС Татарстана и т. п. Как установило следствие, в итоге на приобретение пожарных автоцистерн с улучшенными тактико-техническими характеристиками для спасателей Крыма господами Томашовым и Ахмадеевым было выделено 834,7 млн руб., ГУ МЧС по Севастополю получило 2,8 млн руб. на оборудование для инспекторских подразделений Госинспекции по маломерным судам МЧС, в Дальневосточный региональный центр поступило 1,1 млн руб., в Сибирский региональный центр — 347,5 млн руб., в Центральный региональный центр МЧС под закупку беспилотников — 92,4 млн руб. и т. д.
 
Изначально уголовное дело в отношении господ Томашова и Ахмадеева по ч. 2 ст. 285.1 УК РФ (нецелевое использование бюджетных средств, совершенное в особо крупном размере) было возбуждено на основании рапорта оперативника ФСБ следственным управлением СКР по ЦАО Москвы в конце марта 2018 года. Однако затем его для дальнейшего расследования передали в ГСУ СКР по Москве.
 
Поскольку вменяемое бывшим высокопоставленным чиновникам МЧС преступление относится к категории средней тяжести, то под арестом они пробыли недолго — два месяца. Затем их поместили под домашний арест, а позже отпустили под подписку о невыезде.
 
По мнению адвоката господина Ахмадеева Рубена Маркарьяна, материалы этого «странного» уголовного дела свидетельствуют не об ущербе государственным интересам, а скорее о выгоде для страны. Решение о закупках техники, отметил защитник, принималось руководством МЧС коллегиально, а не двумя обвиняемыми. «Кроме того, вызывает удивление, что в обвинении следователь даже не упомянул о том, что по вине Таганрогского авиационного завода был сорван тот самый госконтракт по поставкам самолетов-амфибий, и завод по иску МЧС арбитражным судом был оштрафован за это на 250 млн руб.»,— добавил господин Маркарьян, отметив, что закупленная «нецелевая» техника активно используется при тушении пожаров, за что фигурантов дела «нужно скорее награждать, а не наказывать».