За десятилетний период существования Федерального казенного предприятия «Аэропорты Севера» начать реконструкцию аэропортов удалось относительно недавно: в 2017 году сдан первый объект - аэропорт «Чокурдах», в котором прошла реконструкция взлетно-посадочной полосы, патрульной дороги, ограждения и светосигнального оборудования. В ближайшие дни, по словам генерального директора авиапредприятия Вадима Волкова, завершается реализация Федеральной целевой программы в аэропортах «Тикси» и «Саккырыр».

Реконструкция аэропортов осуществляется в рамках реализации Программы «Развитие транспортной системы России». В 2019 году ФКП «Аэропорты Севера» приступает к реконструкции следующих объектов: аэропорт «Сеймчан» в Магаданской области и четыре аэропорта республики в Верхневилюйске, Жиганске, Олекминске, Нерюнгри.

Вадим Волков, генеральный директор ФКП «Аэропорты Севера»: «Основной объем работ придется на аэропорты, где запланирована реконструкция взлетно-посадочной полосы. В аэропорту «Жиганск» взлетно-посадочная полоса сохранит грунтовое покрытие, появятся рулежные дорожки и перрон. На время всей реконструкции аэропорт сможет принимать и отправлять пассажиров, без каких-либо ограничений. В аэропорту «Олекминск» - запланирована полная замена грунтового покрытия на искусственное, которая ограничит движение ВС на период работ на летном поле. Однако в дальнейшем это решит ежегодную транспортную  проблему с размоканием ВПП в районе». Также в 2019 году стартует реконструкция в аэропорту «Нерюнгри» на сумму 7,3 млрд рублей, сроком окончания 4 года. 

С 2019 начинаются проектно-взыскательные работы по реконструкции аэропортов «Маган», «Усть-Нера» и «Полярный». На сегодняшний день в реконструкцию в рамках реализации Программы «Развитие транспортной системы России» включены 13 аэропортов ФКП «Аэропортов Севера», проектно-сметная документация имеется по всем аэропортам предприятия.