30 октября 2018 г., AEX.RU –  Росавиация запретила авиакомпании «Якутия» выполнять международные рейсы с 5 ноября. Об этом сообщается на сайте Ведомства. Основанием для введения ограничения явились выявленные в ходе проверок нарушения, в числе которых – недостоверные сведения о выполнении директив лётной годности на самолёте Boeing 737-800 и его дальнейшая эксплуатация без технического обслуживания; неустранение в установленные сроки выявленных на воздушных судах неисправностей и др., отмечается в сообщении Росавиации.
 
Проблемы в области поддержания лётной годности воздушных судов стали причинами длительных и многочисленных задержек рейсов, допущенных авиакомпанией на международных и внутренних направлениях. Межведомственная рабочая группа Росавиации по международным чартерным перевозкам в течение всего года была вынуждена сокращать программы полётов авиаперевозчика. В сентябре задержки достигли почти 20%-го значения. Чартерная программа авиакомпании «Якутия» на ноябрь 2018 года Росавиацией уже не рассматривалась. На регулярные международные направления до следующего года компания реализовала немногим более 450 билетов. Средства за них будут возвращены пассажирам в полном объёме в установленном законом порядке.

Для исправления сложившейся негативной ситуации основной акционер авиакомпании в лице министерства имущественных и земельных отношений Якутии в октябре 2018 года сменил гендиректора. Кроме того уволены коммерческий директор и начальник отдела перевозок, в ближайшие дни будут прекращены трудовые отношения с заместителями генерального директора и специалистами, отвечающими за техническое состояние воздушных судов.
 
Авиакомпания сосредоточится на выполнении полётов внутри Республики Саха (Якутия) и на межрегиональных перевозках в дальневосточном регионе, а также на внутренних дальнемагистральных перевозках, связывающих центральную часть России с Якутией и некоторыми городами Дальневосточного федерального округа.